Перша письмова згадка про місто — в Іпатіївському літопису в 1146-1148, коли київський князь Ізяслав Мстиславич передав у власність Святославу Всеволодовичу 5 міст, серед них «Межибоже».
Великий князь Литовський Ольґерд завоював Поділля 1362 року. Місто стало належати до Луцької землі, потім — до Великого князівства Литовського.
1444 — Меджибіж долучено до Польщі, створено Меджибозьку округу.
1451 — Меджибіж був королівщиною (староста Матіас Лящ).
27 червня 1484 — подільський воєвода Давид Бучацький видав у місті грамоту, котрою забезпечував діяльність парафіяльного костелу в тодішньому містечку Білому (тепер — село біля Чорткова).
1516 — перші відомості про мурований замок у Меджибожі.
На самому початку Хмельниччини фортецю захопили козаки, 1649 року її відбили польські війська.
1650 — Богдан Хмельницький дорогою до Кам’янця стояв під Меджибожем табором. Невеликій польській залозі фортеці довелось покинути замок.
1672 — Меджибож зайняли татари-липки, вихідці з Литви, з їхнім провідником Тарасавським. 16 листопада 1672 року Миколай Єронім Сенявський на чолі війська взяв Меджибіж, «витяв» усіх татар.
1702 — Меджибіж постраждав від місцевих повстанців, що обложили замок.
1726 — помер останній нащадок роду Сенявських. Меджибіж перейшов до князя Августа Чарторийського (з 1730 року містом володіли Чарторийські).
1793 — Меджибож разом із Поділлям відійшов до Росії. Усі маєтки Чарторийських було конфісковані, але 1795 року все повернуто синам князя Чарторийського.
Статус смт — з 1924.
За радянських часів (1962) зруйновано (розібрано на каміння) костел 1600 і келії домініканського монастиря.
Знищено Успенську церкву, муровану у XVII столітті (являла собою рідкісний зразок оборонно-культового будівництва).
